Sekundárny metabolizmus produkuje látky alebo metabolity, ktoré na rozdiel od primárneho metabolizmu nie sú priamo súčasťou rastu, vývoja či rozmnožovania organizmu. Pri absencii týchto metabolitov síce nedochádza k okamžitému usmrteniu organizmu, ale môže dôjsť napríklad k značnému oslabeniu či zníženiu šance na rozmnožovanie.
Medzi sekundárne metabolity radíme napr.:
- Alkaloidy – sa hojne vyskytujú u rastlín a môžu pôsobiť negatívne (halucinogénne účinky, jedy) alebo pozitívne (lieky, lákanie opeľovačov). V súčasnej dobe je známych viac ako 6000 alkaloidov. Medzi známe alkaloidy patrí napr. kofeín a nikotín.
- Saponíny – sú to chemické zlúčeniny vyskytujúce sa prirodzene v rastlinách. Saponíny majú schopnosť vytvárať penu pri kontakte s vodou, čo ich robí vhodné na výrobu mydiel, šampónov a ďalších čistiacich prostriedkov. V potravinách sa saponíny nachádzajú v niektorých strukovinách, ako sú šošovica, hrach, fazuľa alebo cícer. Môžu mať význam pre zdravie, pretože bolo preukázané, že ovplyvňujú hladinu cholesterolu v krvi a majú priaznivý vplyv na imunitný systém.
- Terpény – Látky vyskytujúce sa prevažne v rastlinách, v ktorých sú zodpovedné za vône a arómy. Terpény sa široko využívajú v potravinárstve, kozmetike a lekárstve.
- Flavonoidy – Sú to látky vyskytujúce sa v rastlinách prispievajúce k ochrane buniek pred oxidatívnym stresom a to vďaka svojim antioxidačným vlastnostiam. S flavonoidmi sa stretneme v jedle, čo bežne konzumujeme ako napr. čučoriedky, arónie, zelený čaj a citrusy.